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１階から２,３階に上がると普通教室があります。
普通教室には昇降式のホワイト黒板が設置され、プロジェクターが常設されているので、授業でも多く利用されています。
また、藤高校には教壇がなく、先生が生徒の所にシームレスに移動できるようになっています。
各教室に冷暖房が完備されているのも特徴で、夏も快適に授業を受けることが出来ます。（校長）

地下の生徒玄関から１階に上がると、職員室・校長室・事務室・保健室・応接室・相談室などがあります。
４つの相談室は、勉強や面談で頻繁に利用されています。
職員玄関から入った所には「Sクラブ」と「青少年赤十字」の旗が掲げられ、カトリック校ならではの像がお客様をお迎えしています。
２つのデジタルサイネージには部活動の速報やお知らせなどの情報が流されています。サイネージ横の棚には部活動のトロフィーが所狭しと並べられています。（校長）

生徒玄関を入ると、左側には北見藤女子高校から続く校訓「謙遜・忠実・潔白」の額と木製の像、長らく倉庫に保管されていた創立当時の椅子があります。
右側の扉を開けると、一人一台割り当てられる鍵付きのロッカーがあります。
正面奥には、これも北見藤女子高校の時に美術部を中心に有志が作成したステンドグラス風の飾りを移設してあります。（校長）